人工氣候培養箱溫控系統是培養箱的核心，用戶在選購時zui應關注的方面，關注培養箱的溫度控制方式和溫度控制是否均勻，這兩點因素對于培養箱的實驗結果有著關鍵的影響。保持培養箱內恒定的溫度是維持細胞健康生長的重要因素，因此可靠的溫控系統是培養箱*的重要部分。用戶選用具備相互獨立三重溫度控制功能的培養箱，即箱內溫度控制、超溫報警控制和環境溫度監控以便培養箱穩定的工作。  

人工氣候培養箱箱體內的溫度均一性也是用戶需要考慮的主要因素，一般在箱體內配備了風扇以及風道的培養箱的均一度要好很多，同時此裝置還有助于箱內溫度和相對濕度的迅速恢復。

市場上的人工氣候培養箱主要有兩種溫度控制方式氣套式加熱和水套式加熱，兩種加熱系統都是和可靠的，同時它們都有著各自的優點和缺點。水套式加熱是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，其優點：水是一種很好的絕熱物質，當遇到斷電的時候，水套式系統就可以比較長時間的保持培養箱內的溫度準確性和穩定性，有利于實驗環境不太穩定，并需要保持長時間穩定的培養條件的用戶選用。氣套式加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱。氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，特別有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。此外，對于使用者來說氣套式設計比水套式更簡單化。